Repozytorium jest programem, który przechowuje dane w systemie. Udostępnia za pomocą standardowych interfejsów usług wszystkie operacje związane z przechowywaniem, wyszukiwaniem i przeglądaniem danych, w tym zarówno rekordów bibliotecznych jak i plików z zawartością (np. pdf dla artykułów).
Repozytorium w zależności od konfiguracji może oferować różny zakres usług, a kilka repozytoriów z różnymi kolekcjami danych można połączyć tworząc repozytorium złożone, serwujące wszystkie te dane.
Repozytorium Yadda charakteryzuje się dużą skalowalnością, a jednocześnie stosunkowo małym narzutem, co pozwala używać go zarówno dla małych (kilkaset elementów) jak i dla bardzo dużych (miliony rekordów) kolekcji danych.
Program DeskLight w trybie on-line łączy się bezpośrednio z repozytorium i pozwala na dostęp do wszystkich usług i bezpośrednią edycję danych.