Zainstalowany program należy uruchamiać przy pomocy zainstalowanych w Menu Start (i jeśli wybrano taką opcje na pulpicie) skrótów. Jeśli istnieje koniecznośc uruchomienia z linii poleceń - dotyczy to zazwyczaj systemu linux - należy go uruchamiać przez plik run.sh (DeskLight.exe w windows). Uruchomienie przez podwójne kliknięcie pliku Desklight.jar może spowodować niestabilną pracę programu!
DeskLight działa poprawnie w systemie MacOSX, jednakże nie zawiera pełnego zestawu skryptów integrujących go jako aplikację tego środowiska. Dlatego w systemie OSX należy uruchamiac program przez dołączony plik run.sh.